經過44天的航行，2012長江淡水豚科考隊于12月24日下午抵達終點，并在武漢水生所碼頭公布了考察的初步發現。

經過宜昌至上海往返3400公里的航程尋找，科考隊總共目視發現長江江豚380頭次，聲學考察發現172頭次，與2006年考察相比，此次發現的江豚種群數量下降明顯。以聲學考察結果為例，今年“宜昌號”考察船在宜昌至上海的單程航行中，總共發現91頭次江豚，而2006年科考一號船在同樣的航程中發現了177頭次。

科考隊發現，江豚有往碼頭港口區域集中的趨勢。此次考察全程共統計到航行貨船9643艘、作業漁船736艘。長江干流、尤其是下游區域貨船作業密度非常高。“這么密集的航運，對完全依賴聲納系統生存的江豚來說，是一個潛在的致命威脅。”科考隊成員、WWF（世界自然基金會）江豚項目官員張新橋博士介紹說。

相對而言，科考隊在沒有通航的夾江、汊道里發現了相對集中的江豚種群，比如在宜昌胭脂壩發現了3頭、鄂州江段發現了3頭、鎮江長江豚類省級自然保護區發現了8頭。但形勢也不容樂觀，因為在這些區域發現了很多定置網，非法漁業活動對江豚的影響也不容忽視。“整體而言，長江干流的江豚分布呈現出斑點化分布的趨勢，一小群江豚固定生存在相對狹小的范圍內，這對江豚種群的繁衍而言，并不是一件好事情。”科考隊副總指揮、中科院水生所王克雄博士憂心忡忡地指出。

接下來，科考隊會投入到緊張的數據分析中，統計出長江中下游江豚數量及其變化趨勢；并在此基礎上為農業部出臺《長江江豚拯救行動計劃》提供基礎數據支持，對現有豚類保護區的范圍、功能區調整以及新建保護區等提出建議。